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Shio Ogura, que aparentemente é uma estudante do ensino médio normal é atacada por monstros durante uma viagem escolar à Taiwan. Alguns membros de agência do governo chamada DOGOO e que são denominados de "portadores do E-GENE" que lutam com armas imbuídas com os espíritos de figuras históricas também se envolvem na batalha. No meio de tudo isso, Shio também descobre que ela é uma portadora do E-GENE com a alma de Oda Nobunaga e ela desperta após tentar salvar uma amiga.